شب ۲۰ خرداد سال ۶۰ و پس از اعلام خبر عزل بنی صدر از فرماندهی کل قوا، سرلشکر صفوی و شهید باقری در تصمیمی مشترک، نام عملیات را از امام حسین (ع) به عملیات فرمانده کل قوا خمینی روح خدا تغییر دادند.

اهمیت عملیات موفقیت آمیز فرمانده کل قوا خمینی روح خدا از چند جهت بود. ابتدا اینکه دیگر بنی صدری وجود نداشت که بخواهد به تجهیزات و پیشروی نیرو های سپاه و بسیج ایراد بگیرد و مانع انجام آن شود. دوم آنکه دیگر کسی نمی توانست ادعا کند که نیرو های سپاه فاقد شعور نظامی هستند. سوم آنکه همکاری مثال زدنی نیرو های سپاه و بسیج و ارتش در این عملیات، الگویی برای سایر عملیات ها'>عملیات های دوران دفاع مقدس در ۷ سال بعد از آن شد و چهارم آنکه اگر این عملیات انجام نمی شد ممکن بود دشمن استحکامات بیشتری را در این منطقه ایجاد کند و در جبهه های دیگر نیز پیشروی های گسترده تری را به دست آورد که در این صورت انجام عملیات ثامن الائمه و شکست حصر آبادان، به لحاظ عملی غیرممکن می شد و پنجم و مهمتر از همه آنکه این عملیات، رکود جند ماهه موفق نبودن عملیات ها'>عملیات های رزمندگان خودی را شکست و روحیه ای مضاعف به آن ها بخشید.

در جریان عملیات فرمانده کل قوا خمینی روح خدا ۱۳۰ نفر از رزمندگان ما در کنار رودخانه کارون، ۶۶ نفر در وسط کانال خط شیر و ۱۵۰ نفر در کنار جاده اهواز آبادان، به طور همزمان و با پشتیبانی و عملیات پدافندی نیرو های ارتش به سمت جلو حرکت می کردند و مناطق اشغال شده توسط دشمن را آزادسازی می کردند.

استعداد نیرو های دشمن در این عملیات به تعداد مشخص نیست، اما آنچه در اسناد آمده، نشان می دهد که گردان سوم زرهی عراق موسوم به صلاح الدین و تیپ ۸ مکانیزه آن ها به همراه نیرو هایی از لشکر سوم زرهی، در این عملیات با شکست مواجه شدند.

نیرو های سپاه از ۱۲۰ روز قبل از انجام این عملیات، به صورت شبانه و بدون جلب توجه دشمن یک کانال مبتکرانه و بسیار جالب را به طول یک هزار و ۳۰۰ متر و به شکل حرف T در نزدیکی نیرو های عراقی حفر کرده بودند که انتهای این کانال به میدان مین و جلوی خاکریز و خط آتش دشمن وصل می شد.

عملیات با فرماندهی سردار سرلشکر سید یحیی صفوی ، شهید حسن باقری و سرلشکر غلامعلی رشید راس ساعت ۳:۳۰ بامداد ۲۱ خرداد آغاز می شود و بلافاصله مواضع مستحکم گردان ۳ تیپ مکانیزه لشکر ۳ زرهی به تصرف رزمندگان اسلام در می آید. به فاصله چند ساعت بسیاری از نیرو های دشمن و فرماندهان آن ها که به شدت غافلگیر شده بودند، یا کشته و زخمی می شوند یا به اسارت درمی آیند. پرچم لا اله الا الله نیرو های سپاه و بسیج نیز بر فراز تپه ای که تا چند ساعت قبل در اشغال دشمن بود، به اهتزاز در می آید.

ساعت ۸ صبح و به فاصله ۵ ساعت از آغاز عملیات، دشمن اولین پاتک خود را جهت تصرف مواضع از دست رفته اش آغاز کرد که البته ناموفق بود. سپس دشمن تصمیم گرفت نیرو های جدید و تازه نفس را وارد منطقه کند؛ بدین ترتیب گردان ۸ تیپ ۳۳ نیروی مخصوصی را که در خرمشهر بود و تیپ ۱۹ پیاده لشکر ۷ خود را که در دهلران بود سریعاً به منطقه اعزام کرد که البته همه آن ها با تلفات سنگینی مواجه شدند و موفقیتی به دست نیاوردند.

با روشن شدن هوا، هوانیروز ارتش نیز وارد عمل شده و به شکار تانک های دشمن می پردازد که این اتفاق روحیه رزمندگان را به شدت افزایش می دهد.

آزادسازی ۳ کیلومتر مربع از خاک کشورمان و عقب راندن دشمن به غرب کارون، مهمترین دستاورد عملیات فرمانده کل قوا خمینی روح خدا بود. این عملیات با کشته و زخمی شدن یک هزار و ۲۵۰ نفر از نیرو های دشمن و به اسارت گرفتن ۲۴۶ نفر از آن ها همراه بود؛ البته ۱۱۰ نفر از نیرو های سپاه و بسیج نیز در جریان این عملیات به شهادت رسیدند و ۳۰ نفر نیز مجروح شدند.

همچنین علاوه بر انهدام ۳۳ دستگاه تانک و نفربر و همچنین یک هلی کوپتر دشمن، چندین دستگاه خمپاره انداز ۶۰، ۸۰ و ۱۲۰ میلی متری و نفربر های سالم پی - ام - پی یک عراقی و چندین دستگاه موشک انداز ضد تانک تاو نیز به غنیمت گرفته شدند.